广西地处中国面向东盟开放的前沿地带，不仅有已成为中国重要经济外交平台的一年一度的中国－东盟博览会，还有中越“两廊一圈”、GMS次区域合作等区域合作机制，使得广西成为中国对外开放的战略要地。江泽民、胡锦涛、习近平、温家宝、李克强等党和国家领导人曾多次作出重要指示，肯定广西在中国－东盟合作中的重要地位，并明确要求广西要积极参与中国－东盟自由贸易区、泛北部湾合作、大湄公河次区域合作，充分发挥中国－东盟自由贸易区前沿地带和“桥头堡”作用。2008年国务院批准实施了《广西北部湾经济区发展规划》，使广西北部湾经济区开放开发上升为国家战略。随着国际国内形势的发展，随着广西等省（自治区）参与国际性区域经济合作步伐的加快，加强和深化研究中国－东盟关系的重要性日益凸显。

    2005年，时任自治区党委书记刘奇葆作出指示，“要加强对东盟的研究，找到合作的切入点，认真做好与东盟合作的战略规划，提出行动计划”。2005年1月，时任自治区党委副书记潘琦、时任自治区人民政府常务副主席李金早批示，批准广西大学联合广西国际博览局，整合全区高校和相关部门的研究力量，在原广西大学东南亚研究中心（1995年成立）的基础上，成立中国－东盟研究院，为正处级独立建制，以东盟经济问题为切入点，研究CAFTA建设中的重大理论、政策及实践问题，并在此基础上辐射至中国－东盟关系研究。2005年1月中国－东盟研究院成立时，下设中国－东盟经济研究所、中国－东盟法律研究所、中国－东盟民族文化研究所，在各文科学院设立研究团队，主要研究方向是中国－东盟关系及东南亚国家的经济、法律、文化及民族等方面的问题。为适应中国－东盟关系的发展变化，2011－2012年，中国－东盟研究院进一步细化研究领域，强化研究深度，调整运行架构，将机构设置增加、调整为10个国别研究机构和10个专业研究机构，并启动建设中国－东盟研究国际在线研讨平台和中国－东盟全息数据研究与咨询平台，强化科研基础设施建设。